Saat ini Jalan Tol Bali Mandara memiliki 3 gerbang tol yaitu
Gerbang Tol Nuasa Dua mengoprasikan delapan gardu, Gerbang
To Ngurah Rai mengoprasikan tujuh gardu, dan Gerbang Tol
Benoa mengoperasikan tujuh gardu sehingga keseluruhan 22
gardu tol.
Pertanggal 1 Oktober 2017 keseluruhan Gardu Tol Bali Mandara
hanya melayani transaksi elektronik mengunakan Uang Elektronik
(Unik) sehingga lebih hemat waktu, mudah, dan efisien. Jalan Tol
Bali Mandara tercatat sebagai jalan tol pertama yang
menerapkan 100% Elektronikasi Transaksi Tol dengan
menggunakan Sam Multi Applied untuk multi bank. Adapun kartu
yang dapat digunakan transaksi tol adalah Bank Mandiri ( Emoney
dan Co-Branding), BRI (Brizzi), BNI (Tapcash), dan BCA
(Flazz).